Con l'inizio del secondo semestre all'Accademia Shuchiin, si avvicina il compleanno di Miyuki Shirogane e il mandato del 67º consiglio studentesco giunge al termine, minacciando il tempo che Kaguya e Miyuki possono trascorrere insieme. Una feroce elezione per determinare il prossimo presidente del consiglio studentesco deciderà il loro futuro.
Uryuu Kamihate, un orfano determinato a entrare nel programma di medicina dell'Università di Kyoto, si trasferisce al Santuario Amagami per concentrarsi sui suoi studi. Tuttavia, il sacerdote del santuario gli pone una condizione inaspettata: per poter continuare a vivere lì gratuitamente, deve sposare una delle sue tre nipoti—Yae, Yuna o Asahi—e diventare l'erede del santuario. Nonostante le profonde differenze di credenze tra Uryuu, che non crede negli dei, e le sorelle devote al santuario, la convivenza porta a una serie di sfide e situazioni comiche che mettono alla prova i loro legami e il futuro del santuario stesso
Quando Teruaki Nakamura si trasferisce nella tranquilla Okinawa, si innamora della vivace Kyan-san, ma il suo dialetto è un mistero per lui. Con l'aiuto di Higa-san come traduttrice, la sua vita sull'isola inizia tra fraintendimenti, mentre Higa-san sembra nascondere sentimenti per lui. Su quest’isola serena, l’amore soffia leggero come la brezza marina.
Masamune Okumura, un otaku devoto alla fittizia Liliel, diventa fotografo di cosplay per Ririsa Amano, una vivace studentessa del primo anno. Nel frattempo, la sua amica d'infanzia Mikari si unisce al club, sperando di conquistare il suo cuore, ma Masamune fatica a guardare oltre il suo amore per il mondo della fantasia.
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Dopo 100 rifiuti amorosi, Rentarou Aijou prega in un santuario per trovare una fidanzata al liceo. Il dio dell’amore gli rivela che è destinato ad avere 100 anime gemelle. Il primo giorno incontra Hakari Hanazono e Karane Inda, che gli confessano i loro sentimenti. Per salvarle da un tragico destino, Rentarou decide di uscire con entrambe, dando inizio a un caotico viaggio poliamoroso.